$data=join(\'\',file("1.txt"));
$allwords=$allwords2=preg_split("/\\\\s|\\\\r\\\\n|n/",$data);
$allwords2=array_reverse($allwords);
$fp=fopen("2.txt","w");
for($i=0;$i<sizeof($allwords);++$i)
{
if(array_search($allwords[$i],$allwords) != array_search($allwords[$i],$allwords2)){fwrite($fp,"$allwords[$i]\\\\r\\\\n";}
}
fclose($fp);
По идее нечто вроде того, на работоспособность не проверял, но , по идее должно сработать