В дос реакция большинства текстовых редакторов на нажатие клавиши enter - \\r\\n , юниксы для перевода строки пользуют \\n . Соответственно для дос $value=tr/\\r\\n// , для юникса $value=tr/\\n// . Тока зачем городить огород. Есть специально для этих целей функция chomp , т.е. chomp $value; если массив обрабатывается то chomp @arr;
Прекрасно работает и убирает символ перехода строки, тот который используется системой.