alter_specification:
        ADD [COLUMN] create_definition [FIRST | AFTER column_name ]
  или   ADD [COLUMN] (create_definition, create_definition,...)
  или   ADD INDEX [index_name] (index_col_name,...)
  или   ADD PRIMARY KEY (index_col_name,...)
  или   ADD UNIQUE [index_name] (index_col_name,...)
  или   ADD FULLTEXT [index_name] (index_col_name,...)
  или   ADD [CONSTRAINT symbol] FOREIGN KEY [index_name] (index_col_name,...)
            [reference_definition]
  или   ALTER [COLUMN] col_name {SET DEFAULT literal | DROP DEFAULT}
  или   CHANGE [COLUMN] old_col_name create_definition
               [FIRST | AFTER column_name]
  или   MODIFY [COLUMN] create_definition [FIRST | AFTER column_name]
  или   DROP [COLUMN] col_name
  или   DROP PRIMARY KEY
  или   DROP INDEX index_name
  или   DISABLE KEYS
  или   ENABLE KEYS
  или   RENAME [TO] new_tbl_name
  или   ORDER BY col
  или   table_options
Я не вижу здесь ничего про set auto-increment value 
