в файле .htaccess указываешь такую штуку:
php_value include_path /www/webengine/htdocs/inc
т.е. в один каталог складываешь то что надо инклудить, прописываешь его как инклуд и не надо заморачиваться, все лежит в одном каталоге, никаких проблем с кучей точек.
это так, к слову.