Если файл небольшой (до 2 Мб), то можно закачивать на сервер (постинг), и, с помощью тех же ПХП, отправлять, куда требуется. Есть еще вариант - написать апплет. Там, кажется, есть возможность работать с ftp. Единственное, нужно покопать, чтобы перехватывать событие, когда пользователь выбрал файл. Может быть, Form.onSubmit