ты правильно понимаешь, что понятие сессии существует только для пользователя.
отсюда надо лишь сделать логичный вывод - что использоать сессии для определения наличия пользователя на сайте нельзя.
можно только для идентификации уникальных посетителей.
а вот отслеживать их нахождение ты уже должен без сессий, отдельным скриптом.
сделай текстовый файл какой-нибудь или в базу пиши.
в общем, этих счетчиков - как грязи, на этом форуме два раза в неделю вопрос обсуждается посетителей на сайте.
сессии к нему никаким боком