Riban
Разница есть...
move_uploaded_file сделан, чтобы решать проблему с правами доступа на запись в каталоги, чего copy решить не всегда может (честно сказать и m_u_f тоже)
HoRRoR
было бы полезно почитать факи (например те, что RomiekChef рекоммендует)