Проблема была в том что каталог в котором находится файл не был прочмоден на разрешение изменения списка файлов...
Вот еще вопрос, когда я прочмодил каталог, то система разрешила скрипту переписать файл, но группа с root изменилась на apache и права тоже... у меня есть еще один скрипт, который читает и пишет в этот файл, находится он в другой папке (на уровень ниже), он сможет читать и писать в этот файл, или нужно изменять права при его перезаписывании?