Под w2k не работал с php. Под XP достаточно все просто(аналогично).
У меня, поддержка пхп в IIS реализована в виде ISAPI модуля (читай в книге писано).
Сначала поставил исталлер, а затем распаковал архив(на c:\\PHP). Затем скопировал файлы MSVCRT.DLL и PHP4TS.DLL в каталог windows (первый лежит в sistem32, второй в c:\\PHP). В свойствах узла добавил фильтр ISAPI php4isapi.dll (c:\\PHP\\sapi\\) и на негоже указал в сопоставлениях вместо php.exe.
Перезапустил сервер, проверил, запущен ли фильтр и усе.
Никаких разрешений на исполняемые файлы не давай, только на сценарии. Да и файлы .php доджны быть в C:\\Inetpub\\wwwroot\\ (если по умолчанию)