Это зависит от сервера и от пользователя, клиентские скрипты тут ни при чем. Если без извращений с MIME, которые вряд ли нужны, то в браузере есть пункт контекстного меню "Save target as..." или "Save Link as...". Как вариант, можно выкладывать доки в архивах (тот же zip или tgz), тогда файл будет сохраняться как нужно.