очень простой...
создаёшь ещё одну таблицу в базе данных со следующими полями
parentid \\ comment
ну можно ещё и id поле сделать =)
итак
parentid - это id основного сообщения...
comment - сам коментарий...
а потом просто для каждого сообщения подбираешь коментарий... делая выборку по парентид... если он такой же как и ид самого сообщения тогда это и является коментом к этому сообщению...