Если присутствуют соответствующие настройки сервера (apache), дающие добро на использование файлов .htaccess и назначение "индексов", то положи файл .htaccess в корень сайта и пропиши там:
DirectoryIndex /cgi-bin/index.pl
ps: Так, как наверняка существуют "индексы", заданные по умолчанию, в корень ничего типа "index.html, index.htm ..." не клади.