В большинстве случаев дальше HTMl странички на которой твой flash embedded индексирующая программа не пойдет, хотя google и некоторые другие умеют находить ссылки внутри flash\'a.
P.S. если ты там работаешь то скачай себе Macromedia Flash Search Engine SDK
а если нет то остается только надеяться что он у них есть.