Настройка моего Apache:
...
Options Indexes Includes
AllowOverride All
Allow from all
...
AddType text/html .shtml .shtm
AddHandler server-parsed .shtml .shtm
...
Perl 5.8.0.806
Server version: Apache 1.3.6 (Win32)
Пробовал с теми настройками как Вы говорили (NeoNox) и как говорил Phoinix, эффект нулевой - не устанавливает cookie при вставке через SSI. Тем более как я изменю конфиг у хостера (masterhost.ru), если только через .htaccess.
На счет последнего варианта надо попробовать, я тут подумал раз он не правильно работает когда вставляется через SSI, то просто вызывать весь скрипт так
http://www.site.ru/papka/?id=MyId&val=0003 , а в папку бросить .htaccess с вызовом скрипта из cgi-bin, только в сам скрипт предется дизайн вписывать.