насколько я знаю, апач символ с кодом 0x00 заменяет на символ с кодом 0x20
Но я на практике еще сталкивался со случаем когда все символы в бинарном файле, являющиеся русскими символами в KOI-кодировке были перекодированы в WIN (или наоборот, не помню уже)
P.S.
А не легче ли просто сервер настроить?