напиши простенький скрипт на php к-рый будет вставлять все файлы.
//1.
$fp=fopen("file1");
mysql_query("insert ...");
...
fclose($fp);
//2.
и.т.д.
---
бд хранятся в \\mysql\\data\\db_name
чтобы перенести их потом на сервер, просто с помощью phpMyAdmin\'a сделай дамп, а на сервере, им же, уже этот дамп выполни.