snakehunter 
Можно, но не нужно.
Если попап действительно нужный, то отключить защиту - дело пользователя (особенно если ему об этом дополнительно сказать). 
А если нет (т.е. реклама, порно, и все остальное, открывающееся без его согласия) - то и нечего подобными вещами заниматься. 
Юзер их для того и отключает, между прочим.