В принципе других, нормальных вариантов, кроме как заблокировать каталог .htaccess нет, но можно, например, сваливать все эти файлы в базу, тогда разграничения прав отпадут, но гемороя прибавиться, это другое решение, но худшее, чем первое. Хотя все зависит от задачи.