Когда пишешь, скажем, форум или чат, то можно засунуть все в один скрипт (например, как в статье про чат на этом сайте), а можно каждую функцию - login, запись нового сообщения, чтение сообщений - сделать как отдельный скрипт.
Наверное, если этот чат или форум очень посещаем, имеет смысл использовать вторую тактику, чтобы сервер запускал как можно более маленькие скрипты, а в других случаях лучше первая.
Или как?