Ой нет, я лучше придумала.
У меня кнопочки Бэк и Форвард.
На кнопке Бэк висит установка нужной мне куки и переход по history.back.
Теперь я добавила туда установку еще одной куки is_nav = navigation
а на window.onunload повесила свою функцию, которая проверяет, если кука is_nav не navigation то нужную мне куку, которая устанавливается перед history.back, я обнуляю.
Теперь есть еще один нюанс. Если я вернусь по history.back, а потом обновлю страницу, то нужная мне кука прибьется, потому как is_nav не будет равно navigation