в чем различие между основной индексной страницей
и индексным файлом?
Должны ли совпадать их названия?
Очевидно, вы спрашиваете об этом:
$index_url и $index_page
Разница большая.
$index_page - как будут называться ваши индексные файлы, main.html, my_index.php, home.html, oglavlenie.shtml и т.д.
а $index_url - это URL к самомй-самой индексной странице, например:
http://site.ru/sanitarium/oglavlenie.shtml