Ява-скрипт выполняется на стороне клиента. То есть, если пользователь нажмет на ссылку и перейдет на другую страницу, то скрипт на этом закончит свое существование (ведь он был только на старой странице).
Если делать открытие страниц в новом окне, то такой подсчет возможен. Но опять же, эти данные будут храниться только пока страница открыта. При закрытии страницы все данные потеряются.
Можно конечно записывать в файл, но на ява-скрипте это не очень удобно и нужно подгонять под разные браузеры. Лучше использовать РНР или Перл.
А можно подробнее, что должно быть нажато м открыто, где должны показываться нажатия, должны ли они храниться и т.д.
