Что то Вы не то прочли.
MyIsam - Это майисам, а InnoDB это иннодб. прямые запросы MyIsam выполняет быстрее - прямые селекты. возможно даже быстрее осуществляется полнотекстовый поиск. точно сказать не могу.
InnoDB - появились если я прав в пятой версии Mysql. также в пятой версии появляется поддержка транзакций, функций, внешних ключей, процедур и триггеров. Ура практически уже настоящая реаляционная база данных. прошу заметить до пятой версии Mysql не утверждали что у них есть полная поддержка реаляционности. они и не могли, целостность связей между таблицами и определенный набор функциональности отвечающей за всем этим делом как раз возможен только благодаря InnoDB
скорость InnoDB в сложных запросах. скорее всего имелась в виду.
Вот.
А выбор базы данных для проекта это вопрос философский. цена качество. ясно что лучшее - Оракл и МsSql, но можете ли вы позволить себе их ?
ясно что дешевле Mysql и PostGre, всегда можно купить железо помощнее.