Всё зависит от твоих запросов и твоей базы.
Чем больше данных, чем сложнее запрос - тем больше ресурсов он требует. Если же запрос простой - время выполнения очень маленькое.
Возможные решения - оптимизировать структуру базы, запросы и т.д. либо же, если база действительно огромная, отказатся от использования MySQL и перейти на более профессиональные СУБД.