а каким образом можно описывать обьекты многоугольниками
Задавать координаты вершин, очевидно.
И каждому многоугльнику присваивать еще и координату z, отвечающую за порядок слоя.
Потом пробегать по всем, находить те, в которые попала точка клика, выбирать из них многоугольник с наибольшим z.