простой вариант тебе уже подсказали, второй вариант делать развлетвление в фаилах которые запускают top.php, создай чарез функцию top.php фаил и передавай значение с фаилов которые его запускают,
вообщето
http://mysite.ru, http://mysite.ru/ и
http://mysite.ru/index.php запустит один и тотже фаил, единственое проверь sizeof($_GET)!=0 запустить второй вариант, а у фаилов page.php и так далие запускать сразу 2 вариант.
3 вариант : создать систему управление запускаемых модулей(фаилов), тоесть в главных фаилах следует запуск функции которая и будет определять где какой модуль запускать, тоесть. разбиваеш страничу на виртуальные фрэймы и каждый кусок -- свой модуль, а какой модуль под каким фрэймом выводить определяет главный код програмы, в зависимости от Get, Post, $_SERVER["REQUEST_URI"]- параметров.
Потратиш немного времени на такую структуру но затем легче работать.