после того как файл был закачан на сервер, он помещается в папку /tmp (зависит от настроек) под случайным именем (phpKvZipX).
Тебе нужно просто скопировать его к себе в другую папку
[p]copy[/p] [p]move_uploaded_file[/p]
ЗЫ
это все упрощенно, на самом деле обычно нужно еще кучу проверок (размер, тип файла и т.п.) делать для безопасности