Скорей всего при закачке на сервер файлы закачиваются в Бинарном режиме, поэтому скрипт и не работает.
Попробуй поменять в настройках программы для работы с FTP, режим обмена cgi и pl файлов на ASCII.
P.S. И, забыл совсем, проверь еще путь к перлу в скрипте, я тое иногда забываю поменять:
#!d:/perl/bin/perl
на
#!/usr/bin/perl
Хотя выскакивает другая ошибка, но все же...